El Programa Nacional de Maíz y Trigo es el encargado de contribuir al incremento de la producción y reducir las importaciones, además ejecuta las tareas de investigación en los cultivos de maíz y trigo orientadas a la obtención de variedades e híbridos modernos, tecnologías de manejo integrado y post cosecha de fácil adopción acordes a la realidad de los productores.
Granos Andinos y Leguminosas
El Programa Nacional de Granos Andinos y Leguminosas es el encargado de la planificación, programación y ejecución de las actividades en los cultivos de quinua, kiwicha, cañihua, tarwi, haba y frijol de producción nacional, para el mercado interno y externo, pero principalmente para la seguridad alimentaria de más de 258,000 unidades agropecuarias del país que se dedican al cultivo de estas especies.
Arroz
El Programa Nacional de Arroz es el encargado de mejorar las características de la producción del cultivo de arroz y la calidad de vida del productor arrocero para ello, trabaja en hacer frente a la creciente demanda interna e incrementar la rentabilidad del cultivo, en tres áreas fundamentales: reducción de costos de producción, mejoramiento de la calidad de grano e incremento de la productividad.
Cultivos Agroindustriales y Agroexportación
El Programa Nacional de Cultivos Agroindustriales y Agroexportación, es el encargado de la generación de tecnologías apropiadas para los cultivos de café, cacao, algodón, caña de azúcar y palma aceitera, cultivos de gran importancia e impacto en las economías regionales de la costa y selva del país.
Hortalizas
El Programa Nacional de Hortalizas y Frutales es el encargado de generar conocimientos que permitan la innovación agraria con los actores del Sistema Nacional de Innovación Agraria (SNIA), en los principales cultivos hortofrutícolas de nuestro país, priorizado por su importancia económica, superficie de siembra y su contribución en la generación de mano de obra como fuente de trabajo para la Población Económicamente Activa en el sector rural.
Raíces y Tuberosas
El Programa Nacional de Raíces y Tuberosas es el encargado de la generación de tecnologías apropiadas para el cultivo de papa, fundamentalmente para incrementar la productividad y reducir los costos de producción, cuyos componentes básicos son la semilla y el manejo integrado del cultivo.
Frutales
El Programa Nacional de Frutales es el encargado de generar conocimientos técnicos y científicos que permitan la innovación agraria con los actores del Sistema Nacional de Innovación Agraria (SNIA), en los principales cultivos frutícolas de nuestro país, priorizado por su importancia económicamente rentable por el incremento de las áreas de siembra a nivel nacional y la demanda, generando grandes oportunidades de emprendimiento a los productores agrarios. Logrando mejorar su calidad de vida.
Cuyes
El Programa Nacional de Cuyes es el encargado de generar tecnologías que permitan desarrollar la competitividad de las cadenas productivas de cuyes, incrementar los ingresos y seguridad alimentaria a los productores, preservar el medio ambiente y posicionar al Perú como un país generador de tecnologías y líder a nivel latinoamericano con productores eficientes que puedan lograr un producto con precios competitivos
Camélidos
El Programa Nacional en Camélidos realiza trabajos de investigación e innovación desde 1988 en las áreas de manejo animal, sanidad, mejoramiento genético, reproducción, alimentación y bienestar animal. Para este fin cuenta con personal altamente capacitado en las diferentes áreas de la producción animal y laboratorios debidamente equipados, dedicados a la generación de tecnologías en función a la demanda de los criadores.
Bovinos y Ovinos
El Programa Nacional de Bovinos y Ovinos es el responsable de generar alternativas tecnológicas rentables y amigables con el medio ambiente, a través de la ejecución de proyectos de investigación, con la finalidad de contribuir al desarrollo ganadero, mejorando los índices de producción y de productividad para el mejoramiento de la calidad de vida de la población y al desarrollo sostenible del país.
Pastos y Forrajes
El Programa Nacional de Pastos y Forrajes es el encargado de generar conocimientos que permitan la innovación agraria con los actores del Sistema Nacional de Innovación Agraria (SNIA), realizando investigación, comprobación de tecnologías e innovación en la generación de conocimientos y producción en los cultivos: Rye Gras ecotipo Cajamarquino, especies de avenas forrajeras, gramíneas y leguminosas de nuestro país, que conlleven a mejorar la calidad de los pastizales e incrementen así la productividad, rentabilidad y sostenibilidad de la producción lechera en los diferentes ecosistemas en el país
Estudios en Sistemas Agroecológicos andinos y amazónicos
El Programa Nacional de Estudios en Sistemas Agroecológicos Andinos y Amazónicos es el encargado de desarrollar estudios sobre el equilibrio entre producción de alimentos, crecimiento socioeconómico y protección del medio ambiente para la urgente adopción de cambios importantes en la política agrícola, medioambiental y macroeconómica, tanto a nivel nacional como internacional.
Estudios e Investigación para el Desarrollo Forestal y Cambio Climático
El Programa Nacional de Estudios e Investigación para el Desarrollo Forestal y Cambio Climático es el encargado de planificar y ejecutar estudios e investigaciones para generar y transferir tecnologías que contribuyan al manejo racional de los bosques naturales, establecimiento de plantaciones forestales y agroforestales con material genético superior.
Investigación en Suelos - Aguas y Estudios Especiales
El Programa Nacional de Investigación en Suelos - Aguas y Estudios Especiales es el encargado de generar alternativas tecnológicas producto de la investigación científica y estudios especiales, realizando actividades rentables, competitivas y sostenibles, que además respondan las interrogantes actuales y la necesidad de respuestas en el manejo del Suelo y Agua en las tres regiones naturales.